神之谜题是以解谜为题材的原创动画，舞台是私立学院学员高等部，主人公是对谜题十分着迷并自信逢谜必破的高一学生大门。有一天，他受到学生会长邀请，同青梅竹马少女野叶一起前往学校附近的遗迹解“不能解开之谜bb

暗夜来袭都城内邪祟出没，数名王室宗亲与大臣接连离奇死亡。顿时龙颜震怒朝野沸腾，年轻的御前夜巡使燕离临危受命，立下军令状三日内必破悬案，誓死捍卫“夜巡使”的尊严。面对形势的步步紧逼，特务机构的处处掣肘，